Большинство участков заповедника представляют собой морские архипелаги с прилегающей акваторией Белого и Баренцева морей. Поэтому 74,2 % его площади приходится на морскую акваторию, а массовыми обитателями являются морские колониальные птицы. На скалистых берегах островов образуются знаменитые птичьи базары. Заповедник был основан в 1939 году для охраны гаги. В 1975 г. Кандалакшский залив Белого моря в пределах Мурманской области включен в список водно-болотных угодий, имеющих международное значение в качестве местообитания водоплавающих птиц. Заповедник является одним из культурных и образовательных центров российской северной орнитологической науки. Здесь начинали свою деятельность многие специалисты по морским птицам и гидробиологии.